旧東海道に沿っており、古くは粟津が原といい、琵琶湖に面した景勝の地であり、朝日将軍木曽義仲公の御墓所である。 治承4年(1180)、義仲公は信濃に平氏討伐の挙兵をし、寿永2年(1183)5月、北陸路に平氏の大軍を討ち破り、7月に京都り、 翌寿永3年1月20日(4月改元して元暦元年)、鎌倉の源頼朝の命を受けて都に上ってきた源範頼、源義経の軍勢と戦い、 この地で討ち死にされた。享年31歳。 * 時代は移り、戦国の頃には、当寺も荒廃し、時の近江国守佐々木侯は、石山寺参詣の途次、この地を見て、 当寺を再建し、当寺は石山寺に、近世に至って三井寺に属した。 貞享年間(1684〜1688)に大修理の記録があり、芭蕉翁がしきりに来訪し宿舎としたのは、この頃からである。 元禄7年(1694)10月12日、芭蕉翁は大阪の旅窓で逝去されたが、 「骸は木曽塚に送るべし」との遺言によって、遺骸を当寺に運び、現在地に墓を建てた。
義仲寺本堂で、本尊は木彫聖観世音菩薩。義仲公、義高公父子の木像を厨子に納める。 義仲公、今井兼平、芭蕉翁、丈艸諸位ほか合わせて31柱の位牌を安置している
木曽(源)義仲:1154〜84、幼名駒王丸、木曽冠者、旭将軍と称された。 父義賢(?〜1155)が、義平(頼朝の兄)に武蔵国で討たれた後斉藤実盛を介し、信濃国木曾谷の中原兼遠のもとで教育された。 源頼朝に呼応して平氏討伐に挙兵。倶利伽羅峠の戦いは有名。頼朝より先に上洛したが、後白河上皇の覚えわるく、逆に義経軍に討伐された。
芭蕉翁は元禄7年(1694)10月12日午後4時ごろ、大阪の旅舎で亡くなられた。享年51歳。 遺言に従って遺骸を義仲寺に葬るため、その夜、去来、其角、正秀ら門人10人、遺骸を守り、 川舟に乗せて淀川を上り伏見に至り、13日午後義仲寺に入る。14日葬儀、深夜ここに埋葬した。 門人ら焼香者80人、会葬者300余人に及んだ。其角の「芭蕉翁終焉記」に「木曽塚の右に葬る」とあり今も当時のままである。 墓石の「芭蕉翁」の字は丈艸の筆といわれる。
正面祭壇に芭蕉翁座像、左右に丈艸居士、去来先生の木像、側面に蝶夢法師陶像を安置する。 正面壁上に「正風宗師」の額、左右の壁上には36俳人の画像を掲げる。天井の絵は、伊藤若冲筆四季花卉の図である。